Der Geheimatlas der Niederländisch-Ostindischen Kompagnie (VOC) beinhaltet 174 hervorragend gestaltete und prachtvoll kolorierte Manuskriptkarten. Sie sind Teil des Atlas Blaeu-Van der Hem und geben Gebiete im Indischen und Pazifischen Ozean wieder. Die 1602 gegründete VOC hatte neben dem Handelsmonopol auch die alleinige Verwaltungskompetenz. Sie hielt alle Unterlagen und kartographischen Materialien aus Konkurrenzüberlegungen streng geheim. 1665 sollten Kopien aus dem Archiv angefertigt werden. Als der Plan einer Publikation scheiterte, hatte Joannes Vingboons 180 Karten kopiert, die Joan Blaeu, Chefkartograph der VOC, seinem Freund Laurens van der Hem überließ.
Der Geheimatlas enthält Land- und Seekarten sowie Darstellungen von Küstengebieten, Flussmündungen, Inseln, Siedlungen, Gebäuden, Handelsstützpunkten, Festungen, Schiffen und Personen. Am bedeutendsten sind zweifellos die Seekarten, die aufgrund von Angaben der aus Ostindien heimkehrenden Kapitäne entstanden sind. Ein gutes Beispiel ist die Seekarte der Straße von Malakka: Markant wiedergegeben finden sich hier Küstenkonturen, Flussmündungen, Kaps, Sandbänke, Untiefen, kleine Inseln, Riffe und eine große Zahl von Tiefenangaben.
Eines der schönsten Blätter des Geheimatlasses zeigt die Banda-Inseln aus der Vogelschau in einem paradiesischen Ambiente mit dem feuerspeienden Vulkan auf Gunong Api. Hier spiegelt sich das große Interesse der Europäer wider, das sich auf zwei Gewürze gründete: Da mit Muskat und Gewürznelken großer Profit erzielt werden konnte, geriet dieser Teil der südlichen Molukken in die kolonialen Auseinandersetzungen zwischen den Portugiesen, Briten und Holländern.
Durch den Verlust des Archivs der VOC ist der Geheimatlas ein bedeutendes Dokument in kartographie- und kolonialhistorischer Hinsicht.
