Emma Eckstein entstammt einer prominenten sozialistischen Famile, sie ist die Schwester von Therese Schlesinger. Gemeinsam engagieren sich die Schwestern in der österreichischen historischen Frauenbewegung und sind im Allgemeinen österreichischen Frauenverein aktiv.

1895 wird sie wegen Menstruationsbeschwerden und depressiver Verstimmungen eine der ersten Patientinnen Sigmund Freuds, der bei ihr Hysterie diagnostiziert und sie an seinen Kollegen Wilhelm Fliess zu einer Nasenoperation weitervermittelt. Diese Operation, die nur unter Lokalanästhesie - mit Kokain - durchgeführt wird, hat fatale Folgen für sie. Sie leidet nunmehr unter massiven Infektionen und Blutungen. Schließlich korrigiert ein anderer Arzt, Ignaz Rosannes, den Kunstfehler von Fliess - er entfernt einen vergessenen Gazestreifen. Emma Ecksteins Nasengang bleibt aber lebenslang deformiert. Diese ärztlichen Fehlentscheidungen bewegen schließlich auch Freud seine Hysteriediagnosen zu überdenken. Trotz dieser traumatischen Erlebnisse wird Emma Eckstein Freud-Schülerin und praktiziert als Psychoanalytikerin. Ein Roman von "Joseph Skibell: A curable romantic", 2010 erschienen, thematisiert diese Ereignisse.

Emma Eckstein publiziert Artikel in Frauenzeitschriften, wie "Dokumente der Frauen" und "Neues Frauenleben" befasst sie sich mit der Adoleszenz von Mädchen und der Dienstbotenfrage. Später widmet sie sich auch der Kinder- und Jugendliteratur.