Margarete Hönigsberg ist Tochter der Frauenrechtlerin Emma Hönigsberg und des praktischen Arztes Paul Hönigsberg und schlägt zunächst die Lehrerinnen-Laufbahn ein. 1898 legt sie die Externistinnen-Matura ab und absolviert ab 1900 an der Wiener Universität ein Medizinstudium, das sie 1903 mit der Promotion abschließt. 1904 heiratet sie den Arzt, Austromarxisten und Ökonomen Rudolf Hilferding, der an die Parteischule nach Berlin berufen wird. Margarete kehrt 1908 mit ihren beiden Söhnen nach Wien zurück - 1922 wird die Ehe geschieden.

Ab 1910 ist sie praktische Kassenärztin im 10. Wiener Bezirk, einem Arbeiterbezirk, ab 1922 auch Schulärztin. 1910 wird sie - auf Vorschlag von Paul Federn - in die "Wiener Psychoanalytische Vereinigung" aufgenommen und hält dort 1911 ihren ersten Vortrag zum Thema "Zur Grundlage der Mutterliebe"; 1911 tritt sie - aus Solidarität mit Alfred Adler - aus der Vereinigung wieder aus. Sie ist mit Alfred Adler und seiner Frau Raissa eng befreundet, Eugenie Schwarzwald gehört ebenso zu ihren Freundinnen wie Käthe Leichter. Nach dem ersten Weltkrieg wird sie Leiterin der individualpsychologischen Erziehungsberatungsstelle in Wien. 1926 erscheint ihr Buch "Geburtenregelung" mit einem Nachwort von Alfred Adler, wo sie für liberalere Abtreibungsbestimmungen eintritt.

Als 1934 ihr Krankenkassenvertrag gekündigt wird, kann sie nur mehr PrivatpatientInnen betreuen. 1938 wird die Familie aus der Wohnung verwiesen und bezieht eine Armenwohnung. Im 2. Weltkrieg arbeitet sie in einem von Viktor Frankl geleiteten Heeresspital und ist bis Ende September 1941 im Spital der Israelitischen Kultusgemeinde tätig. Ihr Sohn Karl wird - obwohl inzwischen katholischer Priester - in Polen im KZ Strelitz ermordet, ihre Schwester Clara Scherer stirbt im KZ, ihr geschiedener Mann stirbt 1941 nach Folterungen in Gestapohaft in Paris. Margarete überlebt den Transport von Theresienstadt nach Treblinka im September 1942 nicht. Einzig ihr Sohn Peter Milford(-Hilferding) kann 1939 mit Hilfe von Karl Popper nach Neuseeland ausreisen und überlebt den Holocaust. Im Gedenken an Margarete Hilferding wurde eine Gedenktafel, an einem Gemeindebau in der Leebgasse 100, Wien 10 angebracht. Es erfolgte auch eine Umbenennung der Wohnhausanlage in "Margarethe-Hilferding- Hof".