Marianne Perger wurde in Baden bei Wien in eine großbürgerliche Fabrikantenfamilie geboren. Die Familie besaß eine Baumwollspinnerei. Mit ihren fünf Geschwistern wurde sie von ihrer Mutter und von Hauslehrern unterrichtet. Achtzehnjährig heiratete sie den Industriellen Michael Hainisch, mit dem sie zwei Kinder hatte. Ihr Sohn Michael war von 1920 bis 1928 Bundespräsident der Republik Österreich.

Bei der Generalversammlung des Wiener Frauenerwerbvereins 1870 hielt Marianne Hainisch eine Rede „Zur Frage des Frauenunterrichts“, in der sie den Zugang für Mädchen zum gymnasialen Unterricht forderte. Sie berichtete wiederholt, dass die Erfahrung fehlender Erwerbsmöglichkeiten für bürgerliche Frauen, sie dazu brachte, sich für Frauenbildung einzusetzen. Für Frauen, die nicht mehr durch einen Ehemann oder ihre Familie versorgt waren, wurde es durch veränderte ökonomische Bedingungen zunehmend notwendig, selbst berufstätig werden zu können. Die Erweiterung der Bildungsmöglichkeiten für Frauen sollte diesen den Zugang zu Erwerbsmöglichkeiten eröffnen. Dieser Rede wird von den Chronistinnen eine initialisierende Wirkung für die Frauenbewegung zugeschrieben.

Marianne Hainisch begann zur Bildungsfrage zahlreiche Schriften sowie Artikel in der Frauenpresse zu publizieren. Außerdem wurde sie in einer Reihe von weiteren Frauenvereinen aktiv und baute sich so ein Netzwerk innerhalb der Frauenvereinslandschaft auf.

1899 entsandten verschiedene Frauenorganisationen sie als gemeinsame Delegierte zur Generalversammlung des Internationalen Frauenrates (International Council of Women, ICW) nach London. Im Anschluss daran wurde von ihr 1902 die Gründung einer Dachorganisation liberal-bürgerlicher Frauenvereine, des Bundes Österreichischer Frauenvereine (BÖFV), initiiert. Sie war bis 1918 Präsidentin des BÖFV und auf internationaler Ebene von 1909 bis 1914 Vizepräsidentin des Internationalen Frauenrates.

Das Frauenwahlrecht gehörte nicht zu Hainischs frühen Zielen. Sie stand diesem ambivalent gegenüber. Nach 1900 beteiligte sie sich jedoch am Kampf für das Frauenwahlrecht unter anderem im Frauenstimmrechtskomitee (dem späteren Österreichischen Staatsbürgerinnenverband). 1919 - nach der Erringung des Frauenstimmrechts - kandidierte sie, wie eine Reihe anderer bürgerlicher Frauen ohne Erfolg für die Bürgerlich-Demokratische Partei. Die Marginalisierung von Frauen in den politischen Parteien und im parlamentarischen System veranlasste sie 1929 sich an der Gründung der Österreichischen Frauenpartei zu beteiligen, deren Präsidentin sie bis 1932 war.

Marianne Hainisch starb in sehr hohem Alter. Bereits zu ihren Lebzeiten setzten Würdigungen ein. So wurde zum Beispiel anlässlich ihres 90. Geburtstags 1929 die Marianne-Hainisch-Stiftung initiiert. Sie wurde zwar als „Frauenrechtlerin“ aber - im Gegensatz zu Auguste Fickert - als nicht „radikal“ beschrieben. Ihre Ziele waren pragmatisch: mehr Rechte für Frauen in der Ehe, im sozialen und politischen Leben. Durch nachfolgende Aktivistinnen und in Publikationen wurde und wird ihr die Position einer „Wegbereiterin“, „Begründerin“ und „Schöpferin“ der Frauenbewegung zugeschrieben und sie wird als zentrale und identitätsstiftende Figur der historischen Frauenbewegung konstruiert.